Türkiye 1999 Helsinki Zirvesi'nde Avrupa Birliği'ne adaylık sürecinin başlaması ile topluluk programlarından yararlanmaya başlamıştır. Türkiye'nin AB programlarından yararlanmasını sağlayacak olan ve taraflarca 26 Şubat 2002 tarihinde imzalanmış bulunan Çerçeve Anlaşmayı onaylayan 4763 sayılı Kanun da TBMM tarafından görüşülerek uygun bulunmuş ve 28 Haziran 2002 tarihli Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe girmiştir. Anlaşmanın içeriği ve dayandığı Bakanlar Kurulu Kararı ise imzaların tamamlanmasından sonra 1 Eylül 2002 tarihli Resmi Gazetede yayınlanmıştır.

Türkiye'de "Ulusal Ajans" görevini üstlenmek üzere Ocak 2002 tarihinde Bakanlar Kurulu Kararı ile Devlet Planlama Teşkilatı bünyesinde Avrupa Birliği Eğitim ve Gençlik Programları Dairesi kurulmuştur.

Avrupa Birliği Eğitim ve Gençlik Programları Merkezi Başkanlığı (Türkiye Ulusal Ajansı), 6 Ağustos 2003 tarihli, 25191 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 540 sayılı Devlet Planlama Teşkilatı Kuruluş ve Görevleri Hakkında KHK'da Değişiklik Yapılması Hakkında 4968 sayılı Kanunla kurulmuş olup tüzel kişiliği haiz, idarî ve malî özerkliğe sahip bir kuruluştur. Başkanlık 2011 yılında 634 sayılı KHK ile Avrupa Birliği Bakanlığının ilgili kuruluşu olmuştur.

Başkanlık 2018 yılında 4 no lu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Dışişleri Bakanlığı'nın bağlı kuruluşu olan Avrupa Birliği Başkanlığı'nın ilgili kuruluşu olmuştur.

2003 yılında pilot uygulamalara başlayan Ulusal Ajans 1 Nisan 2004 yılında AB Eğitim ve Gençlik Programlarının tam üyesi haline geldi ve 2006 yılına kadar süren Socrates, Leonardo da Vinci ve Gençlik adlarıyla bilinen topluluk programlarını yürütmeye başladı. 2007-2013 dönemi içerisinde Hayatboyu Öğrenme ve Gençlik Programları da Türkiye Ulusal Ajansı tarafından başarıyla yürütülmüştür. 2014-2020 yıllarını kapsayan yeni program, Erasmus+ Programı da yine Türkiye Ulusal Ajansı unvanıyla, AB Eğitim ve Gençlik Programları Merkezi Başkanlığı tarafından yürütülmektedir.